与1985年批转的国务院批转的《黄河、长江、淮河、永定河防御特大洪水方案》相比，本方案增加了流域洪水特性、防御洪水原则、洪水资源利用、有关地方和部门责任权限及工作任务等内容，同时根据防洪现状和流域规划对防洪工程体系和防御洪水安排作了相应修改完善。在防御洪水安排方面的主要变化有：一是增加了上游防御洪水安排，体现了流域防洪的整体性;二是修订了中下游防御洪水的安排。

近年来，长江防洪工程体系、防汛指挥调度机构及沿江地区经济社会发展状况等已发生较大变化，原方案已不适应当前防御洪水工作要求。根据《中华人民共和国防洪法》和《中华人民共和国防汛条例》有关规定，结合当前长江防洪现状，国家防总组织水利部长江水利委员会和云南、四川、重庆、湖北、湖南、江西、安徽、江苏、上海、贵州、陕西等11省(直辖市)，以及长江航务管理局、国家电网、南方电网、华电集团、大唐集团、中国长江三峡集团、云南华电金沙江中游水电开发有限公司、雅砻江流域水电开发有限公司、国电大渡河流域水电开发有限公司等9家公司和单位，在原《长江防御特大洪水方案》的基础上深入研究、充分论证，制定了《长江防御洪水方案》。